В банках Кипра, США и Германии у убитого политика могло храниться порядка 10 млн долларов. Тайные счета Немцова обнаружила якобы финансова разведка России. Причем большая часть средств поступала от посредничества при продаже оружия.
Следствие вышло на партнеровНемцова в Вашингтоне и Дюссельдорфе. Предполагается, что оппозиционер скопил свое состояние, работая на Виктора Ющенко.
C февраля 2005 года по октябрь 2006 года Борис Немцов, работая внештатным советником Виктора Ющенко, управлял финансами, которые бывший президент Украины получал из США. Борис Ефимович использовал для этого помощницу-украинку, с которой у него был роман. Следствие предполагает, что часть денежных средств из США могла осесть у него на счетах.
Также в ходе следствия установлено, что Немцов, работая у Ющенко, занимался торговлей оружия, которое на Украине осталось после распада СССР. Артиллерийские системы, бронемашины, танки, боевые и транспортные самолеты, включая стратегические бомбардировщики Ту-160 и Ту-95МС, а также межконтинентальные баллистические ракеты исчезли на Украине, а позже появились в горячих точках по всей планете.